Apesar de suas características, o Pantanal é um bioma frágil e altamente dependente da água. O regime hídrico depende das chuvas locais e, principalmente, daquelas que ocorrem nas cabeceiras dos principais rios, sendo que as grandes cheias são comandadas principalmente pelo Rio Paraguai.
Não há regularidade e exatidão dos meses secos e chuvosos, mas geralmente podemos dividir as estações entre:
Estação chuvosa
Outubro a março. As chuvas historicamente se iniciam em outubro, e começam a encher as cabeças dos rios no planalto, escoando toda essa água para a planície. Os meses entre dezembro e janeiro apresentam o auge de precipitação.
Estação seca
Abril a setembro. Entre abril a julho, é a época conhecida como vazante, pois corresponde ao período em que a água está escoando de volta para os leitos dos rios e sendo drenada para fora do bioma pelo Rio Paraguai. Já os meses entre agosto e setembro correspondem ao auge do período seco, coincidindo com os meses com maiores registros de fogo.
