Porto Murtinho, no extremo sul do Pantanal brasileiro e portanto colado no Paraguai, fica abaixo do encontro do rio Nabileque com o rio Paraguai. Ao norte está o rio Aquidauana, e ao sul fica o Apa.
A área recebeu o nome do município hoje já centenário, que homenageia Joaquim Murtinho, senador na virada para o século XX durante o governo Campos Sales.
Das onze sub-regiões, Porto Murtinho é a segunda menor, ocupando nem 3% do Pantanal brasileiro. Inclusive toda a área está dentro apenas do município homônimo, que é o terceiro mais extenso do Mato Grosso do Sul.
Lá, as inundações atravessam de quatro a seis meses, e a grande atração divulgada na cidade são as trilhas que rendem belas vistas aos visitantes: o Morro Pão de Açúcar, que com 550 metros de altura permite que se contemple o Pantanal do Nabileque, o Pantanal do Chaco e as áreas de limite com o Paraguai; o Fecho dos Morros, um dos mais altos pontos do rio Paraguai, muito atrativo para pescadores; e o Morro Celina, na margem paraguaia da descida do rio, onde o olhar traz a impressão de que as pedras e rochas estão suspensas.
A pesca na região respeita o período da piracema no rio Paraguai, por volta do início de novembro ao final de fevereiro. Na área estão os mais conhecidos peixes de água doce do Brasil, como o pintado, ao dourado, o barbado e o pacú.
É também ali na área de Porto Murtinho que passará a Rota Bioceânica, uma ponte que ligará o lado brasileiro à cidade de Carmelo Peralta, no Paraguai, um novo escoamento de produtos do Brasil rumo ao Oeste, alcançando o Chile e tendo um caminho mais curto à Ásia.